分享一篇发表在ACS Chem. Biol.上的文章，文章题目为“Li-BrU-seq: A Low-Input and Simplified Metabolic Labeling Method for Nascent RNA Sequencing”，本文通讯作者为中山大学的骆观正教授和张璋副教授，他们课题组的研究方向是表观组学技术开发，以核酸修饰作为切入点，理解表观遗传、发育重编程、细胞应激等生命机制。

转录调控着细胞命运、发育和环境反应，解码其动态变化对于解读复杂的基因调控网络至关重要。传统的RNA测序只能捕捉稳态RNA丰度的静态快照，新兴的RNA代谢标记技术通过特异性靶向新合成的转录本克服了这一局限，从而引入了关键的时间维度。在代谢标记方法中，基于4sU的富集已成为最广泛采用的策略。然而，这些方案涉及繁琐的富集步骤，可能导致大量的RNA损失，且4sU的掺入可能会引发潜在的细胞毒性。

本文作者提出了一种基于BrU代谢标记策略的低输入BrU代谢标记法（Li-BrU-seq），可以在高特异性富集的条件下极大地降低RNA的投入量，在更加短的时间窗口内实现更加高质量的RNA代谢标记分析。该方法的工作流程是：将BrU加入培养体系后标记新生RNA，利用protein G磁珠直接捕获RNA，通过温和磁珠转动保护RNA-抗体复合物，避免机械降解，实现高特异性、低输入量的RNA捕获。

作者在HEK293细胞系中比较了Li-BrU-seq与经典的TT-seq、mRNA-seq的内含子覆盖比例，数据显示出15 min的Li-BrU-seq富集到了最高83.64%的内含子比例，而30 min的Li-BrU-seq的内含子比例有一定程度的下降，这可能是由于mRNA的加工导致内含子比例降低。二者均展示出了在短时间的标记条件下对新生RNA的高度富集特异性。

评估完Li-BrU-seq特异性后，作者利用MYL6基因对方法输入量进行了优化，在远低于常规输入量的500 ng RNA输入量体系中，展示出对该基因的连续，均匀的内含子覆盖，且信号强度较高，无明显衰减。对比传统的TT-seq展示出更低的RNA输入量。

综上所述，作者开发了一个用于新生RNA的低输入，高特异性的高效富集方法，实现了对微量RNA的高效捕获和测序。

本文作者：MR

责任编辑：WYJ

DOI：10.1021/acschembio.5c01011

原文链接：https://doi.org/10.1021/acschembio.5c01011