分享一篇发表在Anal. Chem.上的文章，题目为“Chemoproteomic Profiling of Isoprenoid Pyrophosphate Interacting Proteins with Photoaffinity Probes”，通讯作者是来自山东大学药学院的蔡容教授，研究方向是基于小分子活性探针的蛋白质组学研究。这篇文章中，作者开发了基于类异戊二烯焦磷酸的光亲和探针，用于其相互作用蛋白的组学分析。

类异戊二烯焦磷酸是许多重要分子生物合成的关键中间体，近期研究表明，类异戊二烯焦磷酸除了已经充分研究的在生物合成和蛋白质异戊二烯化中的作用之外，可能具有其他新的功能。为了揭示异戊二烯类化合物的新生物学功能，作者希望对类异戊二烯焦磷酸相互作用蛋白进行鉴定。

作者首先设计并合成了具有双吖丙啶光反应基团和炔基基团的香叶基焦磷酸（GPP）、法尼基焦磷酸（FPP）和香叶基香叶基焦磷酸（GGPP）探针。凝胶内荧光成像结果表明FPP-P和GGPP-P两种探针的标记效率更高，且标记信号可以被FPP和GGPP竞争性抑制，因此作者后续选择这两种探针进行基于LC-MS/MS的蛋白质组学分析。

作者将竞争性探针标记实验与SILAC定量蛋白质组学方法相结合，用于鉴定类异戊二烯焦磷酸相互作用蛋白。使用FPP-P和GGPP-P两种探针分别鉴定到126和132个具有显著竞争性标记效果的蛋白质。其中，定位在内质网、线粒体和高尔基体的蛋白质高度富集。于是作者进一步通过荧光成像对光亲和探针的亚细胞定位进行了验证。

最后作者希望对定量蛋白质组学鉴定的相互作用蛋白进行验证。于是作者重组表达了TNPO1蛋白，通过LC-MS/MS、凝胶内荧光成像和ITC等方法证明了TNPO1与FPP和GGPP存在相互作用。

总的来说，这篇文章中作者开发了一系列类异戊二烯焦磷酸光亲和探针，用于类异戊二烯相互作用蛋白的组学分析。

本文作者：LCX

责任编辑：LZ

DOI：10.1021/acs.analchem.5c01287

原文链接：https://doi.org/10.1021/acs.analchem.5c01287